I canneti a Cannuccia palustre (Phragmites australis) si estendono su oltre il 40% della superficie della Riserva Naturale, sia in forma di fasce, fra le acque libere e le sponde, sia in ampie distese interne al bacino lacustre.
Ai margini del canneto si sviluppano varie piante igrofile, ma nelle parti interne la dominanza della Cannuccia è così elevata che solo poche piante con portamento lianiforme, come Calystegia sepium e Solanum dulcamara, possono competere; a condizione che in estate vi sia una fase di asciutta.
Per quanto possa sembrare un ambiente molto omogeneo, in realtà il significato ecologico di questa formazione vegetale varia in relazione all’estensione, al periodo di permanenza delle acque e a caratteristiche quali la densità, la stratificazione e l’altezza degli steli. Tali fattori condizionano la presenza degli uccelli legati a questo habitat, che sono fra i più minacciati della nostra avifauna. Ne consegue l’esigenza di adottare corretti piani di gestione, volti anche a contrastare il declino del canneto che si sta manifestando sia localmente, sia su scala continentale.

Ad esserne colpiti sono soprattutto i canneti di aree permanentemente inondate (cioè la maggior parte di quelli presenti nella riserva), che mostrano fenomeni di “incespimento”, frammentazione e riduzione dello sviluppo (sintomi riferibili ad una complessa condizione patologica chiamata “die back”).
Il Tarabuso è una delle specie di uccelli simbolo del canneto. La colorazione e la postura “a canna”, le dita prensili lunghissime ed il potente canto dei maschi sono mirabili adattamenti a questa particolare tipologia di vegetazione. Specie di particolare interesse conservazionistico, il Tarbuso in passato nidificava nelle riserve naturali di Chiusi e Montepulciano; in anni recenti la specie è scomparsa come nidificante in Toscana, ma le aree umide con estesi canneti ospitano un importante contingente svernante.